Экспозиция «Шведский Выборг» открылась в 2006 году и с тех пор остается самой популярной экспозицией музея. Большинство посетителей стремятся увидеть именно ее.

Выставка посвящена самому продолжительному этапу в истории города: 417 лет в составе Шведского королевства, от первого каменного укрепления на Замковом острове до взятия города Петром Первым.

В экспозиции — материалы археологических раскопок (ядра, гранаты, фрагменты бомб, военные и рабочие инструменты), коллекция монет XVII—XVIII веков, карты, документы, гравюры, книги. Один из центральных экспонатов выставки — макет «Выборг в период осады 1710 г.», изготовленный петербургским архитектором Е. М. Ковалевым.